三重塔は、永保3年(1083)、真如法親王の供養のために創建されたと伝えられています。 現在の塔は室町時代に再建されたもので、装飾などに室町時代の特色が示されています。 塔内には開祖である真如法親王の坐像が安置されています。 四季の景色にとけ込む姿は、日本文学界を代表する三島由紀夫の代表作「金閣寺」にも登場し、優雅な三重塔と賞されています。
大正6年（1917）4月、重要文化財に指定。　

深沙大将は、西遊記に登場する沙悟浄（さごじょう）のモデルとしても知られる仏教の守護神です。 左足の内側に「巧匠（アン）阿弥陀仏」の墨書銘があり、鎌倉時代の仏師・快慶の初期作品であると伝わっています。 快慶自らが墨書した仏像は全国に20体ほど。その内、舞鶴市には3体の仏像があり、2体が金剛院に、1体が松尾寺に安置されている。 明治43年（1910）4月、重要文化財に指定。

執金剛神は、仏法を守護する善い神とされています。甲冑を着て金剛杵（こんごうしょ）を持つ武装した姿で、如来を守護する役割を担っています。 深沙大将立像と同様に鎌倉時代の仏師・快慶の作品であると伝わり、深沙大将像と一対のものと考えられています。 この像は、奈良市東大寺にある執金剛神と似ている点が多くあり、快慶が模したのではないかといわれています。 明治43年（1910）4月、重要文化財に指定。